Işık mikroskobunda yapılan gözlemlerde bile bitki ve hayvan hücresi arasındaki farklar izlenebilir.
Bitki hücresinin çeperinde selüloz vardır. Hayvan hücresi ise selüloz
çeper içermez. Selüloz bitki hücresine belli bir dayanıklılık ve şekil
verir. Hücre çeperi vakuolleşen protoplastların yüksek osmotik basıncına
karşı koyar. Turgor ve hücre zarı arasındaki dengeyi sağlar ve hücrenin
patlamasını önler. Hayvan hücresi ise değişken şekillidir.
Bitki ve hayvan hücresi genelde aynı organellere sahiptir. Bunlardan
çekirdek ve mitokondriler çift tabakalı membran taşır. Plastid membranı
da çift tabakalıdır ve sadece bitki hücresinde vardır. Bitki hücresinde
olupta hayvan hücresinde olmayan bir diğer organel de merkezi vakuol
(büyük koful) dür. Tek tabakalı membran taşıyan endoplazmik retikulum
(ER), diktiyozom, lizozom ve küçük vakuoller hem bitki hemde hayvan
hücresinde görülür. Ribozom membransız olup her iki hücre tipinde de
görülür. Sentriyoller hayvansal hücrelerin çoğunda bulunur fakat
bitkilerde bulunmaz.